第一种：收到一般纳税人开具的增值税专用发票或海关专用缴款书，就是按发票上的税额抵扣；第二种：从小规模纳税人购进农产品，取得3%征收率的增值税专用发票，发票上的标明的税额虽然是3%，从2019年4月1日，按票面金额和9%的扣除率计算抵扣进项税。
是按9%抵扣，生产的话可以加扣1%。农产品加计扣除1%计算是在生产环节，会计分录：可以抵扣的进项税额=原材料成本*1%。购进农产品，除了取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书之外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价及9%额扣除率计算的进项税额。
投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
针对不同的购进主体，一般纳税人购进农产品可抵扣进项税额计算如下：购入农业生产者销售的免税农产品，取得或开具收购发票，一般情况计算抵扣9%（发票买价×9%），深加工13%产品计算抵扣10%（发票买价×10%）。例1：从果农处购入其自产的水果一批（免税农产品），取得收购发票注明买价 10000 元。
进项税额=发票上注明的金额×扣除率 纳税人购进农产品生产初级农副产品或直接对外销售的，扣除率为9%；纳税人购进农产品用于深加工生产或委托加工13%税率的货物，扣除率加计1%，即扣除率为10%。
一般来说，农产品初加工可以按照增值税一般纳税人的方式缴纳增值税，也可以按照小规模纳税人的方式缴纳增值税。具体缴纳方式需要根据企业的具体情况和税务政策来确定。对于增值税一般纳税人来说，农产品初加工企业需要计算销项税额和进项税额，然后按照差额缴纳增值税。
纳税人销售或者进口下列货物，税率为9%：粮食、食用植物油、自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、沼气、居民用煤炭制品、图书、报纸、杂志、饲料、化肥、农药、农机、农膜、农业产品、以及国务院规定的其他货物。应交增值税税额等于当期销项税额减去当期进项税额。
如树苗、花卉、植物种子、植物叶子、草、麦秸、豆类、薯类、藻类植物等。根据上述规定，园艺公司自种或外购树木再栽培成型后出售免征增值税，如果销售外购的树木应按规定缴纳增值税。出售自产或外购的树木不属于农产品初加工不能免征企业所得税。
以增值税专用发票上注明的金额和百分之九扣除率计算进项税额；取得农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和百分之九扣除率计算进项税额；纳税人购进用于生产销售或委托受托加工百分之十三率货物的农产品，以农产品买价和百分之十扣除率计算进项税额。
三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
农产品准予抵扣的进项税额的计算：农产品的进项税额计算公式：进项税额=买价乘扣除率。一般纳税人购进已税农产品—凭票抵扣进项税额11%；一般纳税人购进免税农产品—计算抵扣进项税额（11%、13%）；纳税人购进流通环节全免税的农产品；收购烟叶的进项税额（涉及烟叶税，比较特殊）。
销项是：价税合计/（1+适用税率）*适用税率；进项是凭票认证上的税额或是计算抵扣。计算抵扣的有：农产品可能抵扣9%，深加工加扣1%，另外通行费电子普通发票；旅客运输的普通发票、火车票、飞机票。
从一般纳税人那里购买农产品，获得9%税率的增值税专用发票，可以凭票扣除，即直接认证扣除；你也可以选择计算扣除额。