农产品销售公司在销售农产品时，根据税法规定，可以享受增值税的优惠政策。例如，对于部分鲜活农产品，如蔬菜、水果等，其销售环节增值税的征收通常较低，甚至可能实行免征政策。此外，农产品销售公司在购进农业生产资料时，也可以抵扣部分增值税，降低经营成本。
购进农产品的进项税额计算方法如下： 投入产出法：当期允许抵扣的农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量乘以农产品平均购买单价乘以扣除率/（1加扣除率）； 成本法：当期允许抵扣的农产品增值税进项税额=当期主营业务成本乘以农产品耗用率乘以扣除率/（1加扣除率）。
计算公式为：进项税额=买价*扣除率买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按照规定缴纳的烟叶税。一般纳税人购进农产品抵扣进项税额如下：从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。
1、根据现行政策规定，可以抵扣农产品进项税额的凭证如下：从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣。从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣。农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。农产品收购发票。
2、增值税一般纳税人从农业生产者购进免税农产品可以凭取得的农产品销售发票或开具的收购发票上注明的买价乘以扣除率计算进项税额抵扣增值税。
3、农产品销售发票，是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。此种情况，可以凭养殖场开具的增值税普通发票计算抵扣进项税额，同时建议取得养殖场向主管国税机关办理自产农产品享受免征增值税政策的备案回执复印件备查。
4、从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=3-0.9=4万元。
5、登录税务系统，进入“抵扣勾选”模块；选择“农产品抵扣勾选”功能；输入需要抵扣的农产品发票信息，如发票代码、号码、开票日期等；确认勾选信息无误后，提交抵扣申请；税务系统审核通过后，抵扣金额将自动计入企业的进项税额。
6、其计算公式为，进项税额=发票上注明的金额*扣除率。比如，某农产品初加工企业，9月份向增值税小规模纳税人企业购进农产品一批，金额为50万元，增值税税额为5万元。计算该批购进农产品可以抵扣的进项税额。进项税额=50万元*9%=5万元。
在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。从小规模纳税人处购进取得增值税专用发票 用于初加工，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
计算公式为：进项税额=买价×扣除率。买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按照规定缴纳的烟叶税。购进农产品，按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》抵扣进项税额的除外。最新税率是按9%计算抵扣。
农产品的进项税额计算公式：进项税额=买价乘扣除率。【法律依据】：《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十三条下列进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
从农业生产者手中购进农产品，按销售发票和收购发票注明的买价和9%扣除率计算进项税。农产品可以抵扣的进项税额=购进价款*9%。如果购进的农产品用于生产13%税率的货物的，在领用当期加计扣除1%的进项税，也就相当于实际扣除率为10%。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算。